Pendant l'ère violente connue sous le nom de Bakumatsu, il y avait un assassin Ishin connu uniquement sous le nom de Hitokiri Battousai, dont la compétence et la brutalité sont devenues presque légendaires à l'ère de la Restauration qu'il a aidé à construire. Cependant, alors que le temps des combats touchait à sa fin, il a disparu sans laisser de trace, pour refaire surface onze ans plus tard en tant qu'épéiste errant, Himura Kenshin. Séjournant maintenant dans un dojo de kenjutsu tenu par une femme au tempérament fougueux nommée Kamiya Kaoru, et entouré de nouveaux amis comme le combattant de rue Sagara Sanosuke, le fils de l'ex-samouraï Myoujin Yahiko et le docteur avisé Takani Megumi, il cherche à réaliser son vœu de protéger les faibles sans tuer afin d'expier les vies qu'il a prises. Ce n'est pas long, cependant, avant que ce vœu ne soit mis à l'épreuve, et les ombres de son passé reviennent le hanter ainsi que tous ceux qui lui sont chers.